ポインティングマウスとUSBマウスどを併用して使用していませんか ? その場合は USB または PS/2 だけにして使用してください. マウスに関してはどの機種でも多少なりとも問題は出ています. やはりマイクロソフト純正品をマウスドライバーも PS/2互換標準マウスにして使用する事をお勧めします. CADに関しては他のソフトよりマウスはシビアな動きになりますので・・・・ 
後は やはりWindows95;98/98SE/ME は システムリソースはある程度意識する必要があります. これは Windows95/98/98SE/MEの仕様です. 
- 画面プロパティの効果ですべての色を使ってアイコンを表示する以外はチェックをはずす.
 - 画面プロパティの設定で 16ビットHighColorにする.
 
- 画面プロパティの設定-->詳細-->パフォ-マンス-->ハードウエアアクセラレータの下げる.
 
また, Webタグの□Active Desktop・・・・ のチェックを外す.
- タスクバー/タスクトレイのアプリを減らす.(殆ど必要としないものが多いです) (MSCONFIG.EXEを使用して減らす)
 - メモリーリソースを最適化するソフトを使用する.
 - 印刷するときなどはHO_CADで同時に開く図面を少なくする.
 - 搭載メモリーを最低256KB以上でCPUはPen-III800MHZ以上でWin2000を使用する.
 
Win98のリソースは 128MBまでしか管理されません. これを越えるとスワップされるため表示に関係するプログラムを
ローディングするとき遅くなります.
ビデオチップによっては残像がでる場合があります. Win2000には気になる程の制限はないと考えていいと思います.
補足) ソフトでWindowsをリソースメモリーをなるべく使用しない方向で開発する.- JW_WINに限っていえば2Dが高速なビデオカードを搭載する. 3Dは高価である.
 - DUAL Displayを導入する.
 - ビデオドライバーを更新する.
 - マウスドライバーをPS/2互換マウスドライバーに変更する.
 - マウスプロパティのポインタでWindows標準にする. (3D, アニメーション, 軌跡表示をしない)
 - ディスクトップにアイコン(ショートカット等を置かない) リソースを使用しない.
 - リソースを試用しないランチャーソフトを導入する.
 - 使用プリンタのプロパティ->詳細->スプール設定をクリックしてコンピュータ内のメモリーを使用してにチェックを印刷する.
 - プリンタのWindowsドライバーを更新する.
 - フォルダ名(ファイル名の拡張子も含め) 40文字以上にならないようにする.
 - JWC形式の場合JW_CADで読み込む場合はできればロングフォルダ名/ファイル名は使用しない.
 
JW_CADはあくまでも 8.3 形式です. DXF形式のファイル名も 8.3形式 がいいと思います.- クリックボードのクリア
 - Windows Live Update を頻繁にチェックする.
 
BMP化使用している図面のデータ, クリックボードなどはかなりメモリーリソースを使用します. これは搭載しているメモリーとはちょっと違います. リソースを有効にするメモリー最適化ソフトがありますので入手して試してください. 自動で最適化するよりは一定時間経過(作業)したら手動で最適化することをお勧めします. ある程度解消される場合があります. 
詳しいことは一言では説明できませんので入手して詳細を読んでください. ファイル保存時に「メモリストームの拡大中にメモリが足りなくなりました」がでて保存できない場合は 完全にメモリー不足です. 
システムリソースを使用しないメニュ-ランチャーソフトを紹介します. クイックランチバーを使用しますのでかなり便利に使用できます. 私がお勧めのランチャーです. WYLauncher Version 3.1.4 です 最新版等の情報は http://neosoft.fly.to/ で入手できます 
【メモリ管理は】 
- 「BeMem」 ver 2.12
 - 「めもりーくりーなー」 ver 3.030 http://www2s.biglobe.ne.jp/~yanai/
 - メモリの掃除屋さん Ver 1.40 http://www6.plala.or.jp/amasoft/
 - MemoryPlus Ver1.25 http://www.atlantisdo.com/
 - シエアウエア では MemTurbo です.